相較于一般貿易企業利用信息不對稱、地域及時間差異所產生的商品差價從中賺取利潤，供應鏈企業則可通過收取服務費及商品價差等多渠道獲取利潤，而服務費主要通過以下兩方面獲得：
一方面，供應鏈企業在提供的供應鏈服務過程中對各流程進行管理，可為客戶節省采購、物流配送、產品分銷等環節成本，同時提供進通關、庫存管理等附加服務，因此，可向客戶按照業務量收取一定服務費，具體比例可按照與客戶協議而定。服務費包括裝載費、運輸費、報關費、檢疫費等，可根據客戶需求提供更多增值及額外服務。由于具體企業收費模式存在差異，因此無統一收費標準。
另一方面，供應鏈流程包括資金流管理服務，供應鏈貿易企業可為客戶提供結算配套服務及一定信用支持，并按照一定比例收取費用，即供應鏈金融服務。企業可根據客戶信譽度提供信用額度，提供一定的墊資額度，而墊資周期結合采購生產周期，通常按單筆業務結算，從實際情況來看，可對客戶收取一定保證金，剩余貨款為墊付。
